مرحوم منزوی سوای دخل و تصرف در متن و افزودن مطالبی که در احیاء الداثر گاه از حیث حجم دو سه برابر متن اصلی که مرحوم آقابزرگ ارایه کرده، می باشد، نظرات خود را جایگزین عبارت های پدر کرده و نظر پدر را حذف کرده است. نمونه ای از این دخل و تصرف ها در ضمن شرح حال مقدس اردبیلی است. تقریبا دو سوم مطالبی که در متن چاپ شده (صفحات 8-9) در شرح حال مقدس اردبیلی آمده، اساسا بدیلی در نسخۀ خطی ندارد و متن آقابزرگ پس از آنکه ایشان از نگارش حاشیه بر الهیات تجرید قوشجی به نام پسرش تقی الدین محمد سخن گفته، پایان می یابد و ادامۀ مطلب تا آخر یعنی از کلمات و قد ذهب المقدس فیها الی القول بوحدة الوجود تا آخر افزودۀ مرحوم منزوی است. در متن اصلی آقابزرگ مطلبی دربارۀ کتاب النص الجلی آورده و اینکه کتاب اخیر را تألیف مقدس اردبیلی می داند را مستند به ذکر آن در ضمن کتاب حدیقة الشیعة کرده و مرحوم منزوی این عبارت را حذف کرده و به تفصیل در رد انتساب کتاب حدیقة الشیعه به مقدس اردبیلی با ادبیات خاص خود سخن گفته است. عبارت آقابزرگ در شرح حال مقدس اردبیلی چنین است:
المقدس المولی بن محمد الاردبیلی، المتوفی فی صفر سنة 993 أستاد صاحبی المعالم و المدارک و غیرهما من الأعلام و صاحب التصانیف الکثیرة مثل مجمع الفائدة و البرهان فی شرح ارشاد الأذهان و زبدة البیان فی تفسیر آیات احکام القرآن و اثبات الواجب کما ذکره فی المقدمة و کما عبر به فی کشف الحجب و هو رسالة فارسیة فی اصول الدین مع البسط فی الامامة. نعم أول أبوابه الأربعة فی اثبات الواجب اختصاراً. و له النص الجلی فی امامة مولینا علی کما احال الیه فی حدیقة الشیعة أیضاً و له الحاشیة علی الهیات الشرح الجدید للتجرید تألیف علی بن محمد القوشچی المتوفی (879) فرغ من الحاشیة 13- ع1-989 ألفها باسم ولده أبی الصلاح تقی الدین محمد.
مرحوم منزوی عبارت بعد از اثبات الواجب که اشاره به ذکر نام کتاب در متن خود کتاب به همین شکل دارد را حذف کرده و در بحث از کتاب النص الجلی به دلیل آنکه بر این نظر است که کتاب حدیقة الشیعة از مقدس اردبیلی نیست، عبارت آقابزرگ که در خصوص استناد کتاب مذکور به مقدس اردبیلی، گفتۀ وی در کتاب حدیقة الشیعه را مورد استناد قرار داده، حذف کرده است. این مطلب که کتاب حدیقة الشیعة تألیف مقدس اردبیلی هست یا خیر و نظر مرحوم منزوی در این خصوص چه هست، نمی تواند دلیلی بر تصرف در عبارت آقابزرگ باشد. عبارتهایی آمده در بخش افزودۀ مرحوم منزوی نیز مطالبق با نظرات خاص ایشان و نوع تفسیر ایشان از تاریخ صفویه است و ارتباطی با مرحوم آقابزرگ ندارد.